Dekretem Kongregacji Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów św. Jan Paweł II został ustanowiony patronem Kalwarii Zebrzydowskiej. Karol Wojtyła jako dziecko, młodzieniec, kapłan, biskup, a potem papież był tam niezliczoną liczbę razy. Największy pielgrzym kalwaryjski ukochał „swoje” kalwaryjskie sanktuarium i tamtejsze dróżki.
Do sanktuarium maryjnego w Kalwarii miał z Wadowic najbliżej i już jako dziecko pielgrzymował tam wraz z ojcem, wielokrotnie modlił się przed obrazem Matki Bożej Kalwaryjskiej, wiele razy przemierzał kalwaryjskie dróżki. Zachowała się fotografia z jednej z kalwaryjskich pielgrzymek – pozowane zdjęcie, na którym siedzi u stóp ojca.
To w Kalwarii Zebrzydowskiej wypełniał przeróżne śluby złożone Maryi. To tam w 1962 r. jako biskup zawierzył Jej wszystkich kapłanów archidiecezji krakowskiej. To tam „zawierzył Jej wszystko” 22 czerwca 1967 r., tuż przed wyjazdem do Rzymu, gdzie miał zostać mianowany kardynałem. To tam jako metropolita krakowski wiele razy przewodniczył słynnym kalwaryjskim „pogrzebom Maryi” i uroczystościom Jej wniebowzięcia.
Jako Jan Paweł II odwiedził Kalwarię w czasie swojej pierwszej pielgrzymki do Ojczyzny w 1979 r. i w czasie swojej ostatniej – w 2002 r.
W wygłoszonej w 1979 r. homilii mówił o swoich częstych oficjalnych pobytach w tym sanktuarium. „Jednakże najczęściej przybywałem tutaj sam – wyznał – tak żeby nikt nie wiedział, nawet kustosz sanktuarium. Kalwaria ma to do siebie, że się można łatwo ukryć. Więc przychodziłem sam i wędrowałem po dróżkach Pana Jezusai jego Matki, rozpamiętywałem Ich najświętsze tajemnice. (…) Polecałem Panu Jezusowi przez Maryję sprawy szczególnie trudne i sprawy szczególnie odpowiedzialne w całym moim posługiwaniu biskupim, potem kardynalskim. [W książce Dar tajemnica stwierdził, że omadlał wtedy „różne sprawy Kościoła, zwłaszcza w trudnym okresie zmagania się z komunizmem”; modlił się tam też m.in. o dobrą pogodę na uroczystość św. Stanisława czy na procesję Bożego Ciała]. Widziałem, że coraz częściej muszę tu przychodzić, bo, po pierwsze – spraw takich było coraz więcej, a po drugie – dziwna rzecz – one się zwykle rozwiązywały po takim moim nawiedzeniu na dróżkach. (…) Prawie żadna z tych spraw, które czasem niepokoją serce biskupa, a w każdym razie pobudzają jego poczucie odpowiedzialności, nie dojrzała inaczej, jak tutaj, przez omodlenie jej w obliczu wielkiej tajemnicy wiary, jaką Kalwaria kryje w sobie”. Co pociąga człowieka do tego sanktuarium? – pytał Papież i odpowiadał: „Właśnie owa tajemnica zjednoczenia Matki z Synem i Syna z Matka”. Tajemnica opowiedziana „plastycznie i szczodrze poprzez wszystkie kaplice i kościółki, które złożyły się wokół centralnej bazyliki”, bowiem dróżki to „szczególny rezerwuar, żywy skarbiec wiary, nadziei i miłości Ludu Bożego tej ziemi”.
Na dróżkach tych dokonuje się niezwykła przemiana. „Wszystko to, co składa się na te dróżki ludzkiego dnia powszedniego, zostało przyjęte przez Syna Bożego i za pośrednictwem Jego Matki, jest człowiekowi wciąż oddawane na nowo: wychodzi z życia i wraca do życia ludzkiego. Ale oddawane już jest w nowej postaci, jest prześwietlone nowym światłem, bez którego życie ludzkie nie ma sensu, pozostaje w ciemności. «Kto idzie za Mną, nie będzie błądził w ciemnościach, lecz będzie miał światło życia» (J 8,12). Oto jest owoc mojego wieloletniego pielgrzymowania po kalwaryjskich dróżkach. Owoc, którym z wami się dzielę”.
W Kalwarii Zebrzydowskiej Jan Paweł II wygłosił swoje „wezwanie najważniejsze”, „najistotniejsze orędzie” – „proste i zasadnicze papieskie wezwanie do modlitwy”: „Nie ustawajcie w modlitwie! Trzeba się zawsze modlić, a nigdy nie ustawać (por. Łk 18,1), powiedział Pan Jezus. Módlcie się i kształtujcie poprzez modlitwę swoje życie”. A na koniec dodał: „proszę , abyście się za mnie tu modlili, za życia mojego i po śmierci”.
To właśnie w kalwaryjskim sanktuarium 19 sierpnia 2002 r. Jan Paweł II odprawił swoją ostatnią Mszę Świętą na polskiej ziemi i tam odmówił ostatnią w Polsce „maryjną” modlitwę za Polskę i Polaków.
