Liczący 700 lat gotycki toruński kościół św. Jakuba został oficjalnym diecezjalnym sanktuarium tego świętego.

Od 2007 r. kiedy ustanowione zostało pierwsze polskie sanktuarium św. Jakuba w Jakubowie (diecezja zielonogórsko-gorzowska), apostoł przeżywa prawdziwy renesans zainteresowania. Sanktuariami świętego apostoła, którego głównym miejscem kultu jest hiszpańskie Santiago de Compostela, są już w Polsce jakubowe kościoły w Lęborku (diecezja pelplińska), Szczyrku (diecezja bielsko-żywiecka), Więcławicach Starych (archidiecezja krakowska), Małujowicach (archidiecezja wrocławska) i Brzesku (diecezja tarnowska).

Podobnie jak przy innych sanktuariach, także w Toruniu działa Bractwo Świętego Jakuba, a przez teren diecezji toruńskiej prowadzi Camino Polaco, czyli świętojakubowa Droga Polska łącząca się z jedną z dróg niemieckich i prowadząca do Santiago de Compostela, oraz kilka odcinków łącznikowych.